La fiscalidad de clínicas de neurología se define por la exención de IVA de la asistencia sanitaria y del diagnóstico, prevista en el artículo 20.Uno.3.º de la Ley del IVA, combinada con actividades gravadas y equipos de alto coste. Esa mezcla condiciona la deducción del IVA soportado, la tributación de la sociedad y el riesgo ante una inspección.
Por Luis Miguel Larriba, Socio Director de LRB Tax & Legal. Contenido informativo actualizado en octubre de 2026; no sustituye al asesoramiento sobre un caso concreto.
Por qué la neurología tiene particularidades fiscales propias
A diferencia de otras especialidades, la neurología se apoya en una batería de pruebas diagnósticas que a menudo se realizan en la propia clínica: electroencefalogramas, electromiografías, potenciales evocados, estudios del sueño o, en centros de mayor tamaño, resonancia magnética. Cada prueba exige aparatos de coste elevado y personal técnico específico, lo que traslada el centro de gravedad fiscal hacia las inversiones y la deducción del IVA que las acompaña.
El perfil de ingresos también es heterogéneo. Conviven la consulta privada, la facturación a aseguradoras y mutuas, los conciertos con centros hospitalarios, la rehabilitación neurológica, los informes médicos para terceros y, en algunos casos, la docencia o los ensayos clínicos. Cada flujo recibe una calificación distinta a efectos de IVA y debe poder acreditarse con contabilidad y documentación clínica ordenadas.
IVA en neurología: diagnóstico y neurofisiología exentos
El artículo 20.Uno.3.º de la Ley 37/1992, de 28 de diciembre, del Impuesto sobre el Valor Añadido, declara exentas las prestaciones de asistencia sanitaria, incluido el diagnóstico, realizadas por profesionales médicos o sanitarios. La exención es objetiva: se atiende a la finalidad del servicio, que debe consistir en diagnosticar, tratar o curar enfermedades o proteger la salud.
Las consultas de neurología, los estudios neurofisiológicos y la rehabilitación prestada por profesionales sanitarios titulados encajan con naturalidad en ese precepto. Quedan en cambio fuera los servicios que no persiguen una finalidad terapéutica o diagnóstica sobre el paciente, como determinados informes periciales, la formación o la cesión de espacios. Ahí, la regla general es el tipo del 21 %.
| Servicio neurológico | Tratamiento en IVA | Criterio determinante |
|---|---|---|
| Consulta, diagnóstico y seguimiento (epilepsia, cefaleas, Parkinson, esclerosis múltiple) | Exento | Asistencia sanitaria por profesional médico |
| Electroencefalograma, electromiografía y potenciales evocados | Exento | Diagnóstico con finalidad clínica |
| Resonancia magnética y otras pruebas de imagen prescritas | Exento | Prueba diagnóstica prestada en el ámbito sanitario |
| Neurocirugía ambulatoria y técnicas de infiltración o bloqueo | Exento | Tratamiento de enfermedad |
| Rehabilitación neurológica (fisioterapia, logopedia, terapia ocupacional) | Exento si la presta personal sanitario titulado | Cualificación del profesional y finalidad terapéutica |
| Informes periciales, valoraciones de daño corporal y docencia | 21 % | Ausencia de finalidad terapéutica sobre el paciente |
| Alquiler de salas o equipos a otros profesionales | 21 % | Arrendamiento sin prestación sanitaria |
La prueba descansa en el expediente. Conviene conservar la prescripción o petición de la prueba, el informe firmado por el facultativo y la identificación de quien realiza cada acto. Cuando el servicio no tiene un destinatario paciente, como ocurre en algunos informes encargados por aseguradoras o por terceros, debe analizarse caso por caso si la exención resulta aplicable.
Pruebas por convenio con aseguradoras y mutuas
Una parte importante de la actividad neurológica se factura a aseguradoras y mutuas mediante convenios que fijan tarifas por acto o por prueba. Que quien paga no sea el paciente no altera, por sí solo, la calificación del servicio: si el acto es una prestación sanitaria realizada por un profesional, la exención se mantiene. Lo que cambia es el riesgo documental.
Los convenios suelen mezclar conceptos distintos en una misma factura: actos asistenciales, informes, gestiones administrativas y, a veces, suministros. Si la factura no desglosa cada concepto, la Inspección puede cuestionar la exención de todo el importe o, al contrario, exigir el IVA de las partes que no tengan naturaleza sanitaria. Una buena práctica consiste en separar los conceptos en el contrato y en la facturación.
También hay que vigilar los descuentos, las regularizaciones de tarifas y los rappels que algunas aseguradoras aplican de forma periódica. Su correcta contabilización incide en la base de la prorrata y en el momento de devengo de los ingresos, y es un punto de contraste habitual con la información que las propias aseguradoras comunican a la Administración.
Actividad mixta, prorrata y sectores diferenciados
Quien presta únicamente servicios exentos no puede deducir el IVA soportado. Quien combina servicios exentos y gravados solo deduce la parte proporcional, conforme a la regla de prorrata de los artículos 102 y siguientes de la Ley del IVA. En una clínica neurológica con informes periciales, docencia o alquileres, esa proporción afecta a la compra de equipos, a las reformas y a los suministros.
El artículo 9.1.º.c) de la misma ley permite considerar sectores diferenciados de actividad cuando los regímenes de deducción aplicables difieren en más de 50 puntos porcentuales. Para una unidad con peso relevante de actividad gravada, esta separación puede mejorar la deducción, pero obliga a llevar contabilidad separada y a justificar los criterios de imputación de los gastos comunes.
La elección entre prorrata general y especial, o entre prorrata y sectores, suele tener un impacto económico considerable en los centros con fuertes inversiones. Un error en el método afecta a todos los ejercicios no prescritos y se corrige, normalmente, con una regularización que incluye intereses de demora y posible sanción.
Equipos de alto coste y amortización en neurología
Un equipo de resonancia, un sistema de neurofisiología o un neuronavegador representan inversiones de cientos de miles de euros. Su tratamiento fiscal tiene dos vertientes. En IVA, el soportado en la adquisición solo es deducible en la proporción que corresponda a la actividad gravada, con regularización posterior en el caso de bienes de inversión durante el período legalmente previsto.
En el Impuesto sobre Sociedades, la tabla de amortización del artículo 12 de la Ley 27/2014, de 27 de noviembre, prevé para equipos médicos y asimilados un coeficiente lineal máximo del 15 % y un período máximo de 14 años. Documentar el momento de puesta en funcionamiento, la vida útil y el método de financiación evita discusiones sobre el ejercicio en que empieza la amortización.
La financiación mediante leasing, renting o préstamos de socios añade matices. El arrendamiento financiero tiene reglas propias de deducción, y los préstamos entre socio y sociedad deben pactarse a condiciones de mercado. Si el equipo se adquiere por una sociedad distinta de la que presta el servicio, la cesión de uso debe formalizarse y retribuirse adecuadamente.
Sociedades profesionales y operaciones vinculadas
El neurólogo puede ejercer como autónomo, tributando en el IRPF por rendimientos de actividades económicas según la Ley 35/2006, del Impuesto sobre la Renta de las Personas Físicas, o a través de una sociedad que tributa al tipo general del 25 % en el Impuesto sobre Sociedades. La decisión depende del nivel de beneficios, de la retribución necesaria y de la política de reinversión, y no solo del tipo nominal.
Cuando el profesional participa en la sociedad, el artículo 18 de la Ley del Impuesto sobre Sociedades obliga a valorar a precio de mercado las operaciones entre ambos y fija la vinculación entre socio y entidad a partir de una participación del 25 %. Se incluyen los servicios facturados por el médico a su sociedad, los préstamos, los alquileres de consulta o equipos y la retribución por la función de administrador.
La Inspección contrasta con frecuencia si la remuneración de los socios profesionales guarda proporción con el trabajo real, con la facturación generada y con lo que cobrarían terceros independientes. Una retribución desproporcionada, por exceso o por defecto, puede derivar en ajustes en la sociedad y en el socio, con efectos cruzados que conviene anticipar mediante documentación de soporte y un análisis de precios.
Riesgos de inspección en clínicas de neurología
Las comprobaciones en el sector sanitario tienden a concentrarse en un conjunto reducido de cuestiones:
- Aplicación de la exención de IVA a informes, valoraciones periciales o servicios sin finalidad terapéutica.
- Método de prorrata, sectores diferenciados y deducción del IVA soportado en equipos y reformas.
- Coherencia entre la facturación a aseguradoras y mutuas, los convenios y la contabilidad.
- Ingresos cobrados en efectivo y cumplimiento del límite de pagos en efectivo entre empresarios y profesionales.
- Retribución de socios y administradores y operaciones con partes vinculadas.
- Amortización, financiación y afectación de equipos de alto coste.
- Gastos personales de los socios, vehículos y viajes sin afectación acreditada.
Los errores de calificación rara vez se quedan aislados. Si la Inspección reclasifica ingresos como no exentos, recalcula la prorrata de todos los períodos abiertos y puede extender el análisis a la deducibilidad de gastos y a la valoración de las operaciones con socios. Por eso conviene revisar el conjunto antes de que llegue el primer requerimiento.
Plazos y estrategia de defensa: 18 y 27 meses
El procedimiento de inspección se regula en la Ley 58/2003, de 17 de diciembre, General Tributaria, y en su reglamento de desarrollo. Con carácter general, las actuaciones deben concluir en 18 meses desde la notificación de su inicio, con una ampliación hasta 27 meses cuando concurren los supuestos legales, como una especial complejidad o la ocultación de información.
Controlar esos plazos forma parte de la estrategia. Las dilaciones imputables al contribuyente no computan, y el incumplimiento del plazo máximo tiene consecuencias sobre el efecto interruptivo de la prescripción. La defensa eficaz se prepara desde el primer requerimiento, ordenando la documentación clínica, los convenios y los contratos con socios, y atendiendo cada trámite con coherencia.
En el trámite de audiencia y en las alegaciones al acta se discuten tanto la calificación jurídica como la cuantificación. Cuando la controversia es técnica, por ejemplo en el reparto de gastos comunes o en la valoración de una operación vinculada, un informe pericial tributario de ValiTax aporta un análisis independiente que refuerza la posición del contribuyente. Si el acta se firma en disconformidad, caben después las vías de recurso administrativas y contencioso-administrativas.
Asesoramiento de LRB Tax & Legal a clínicas y consultas de neurología
LRB Tax & Legal asesora a médicos, clínicas y grupos sanitarios en las consecuencias fiscales de su actividad y los defiende en inspecciones y comprobaciones. El trabajo se articula habitualmente en cuatro frentes: calificación de cada servicio a efectos de IVA, diseño de la prorrata o de los sectores diferenciados, estructura societaria y retribución de los socios, y defensa en el procedimiento inspector con apoyo pericial.
Como lectura previa, puede consultarse nuestra guía sobre el IVA en servicios médicos y sus límites, la página de defensa en inspecciones tributarias y el artículo relacionado sobre la fiscalidad de clínicas de dermatología, que analiza otra especialidad con actividad mixta.
Conclusión
La carga fiscal de una consulta o clínica de neurología se decide, en buena medida, antes de cualquier comprobación: en cómo se documenta cada prueba, en el método de deducción del IVA, en el tratamiento de los equipos y en la forma de retribuir a los socios. Una revisión periódica de estos puntos reduce el riesgo de regularizaciones. Para consultas profesionales, puede escribirse a Contacto@LRB.es o llamar al +34 684 234 831.
Preguntas frecuentes sobre la fiscalidad de las clínicas de neurología
Sí, cuando se realizan con finalidad diagnóstica por profesionales médicos o sanitarios, están exentas conforme al artículo 20.Uno.3.º de la Ley del IVA. Conviene conservar la prescripción de la prueba y el informe firmado por el facultativo, porque la exención se acredita con el expediente clínico.
Solo en la proporción que corresponda a operaciones que den derecho a deducción. Si la actividad es mayoritariamente exenta, la deducción será limitada o nula. Si hay actividad gravada, se aplica la prorrata o, en su caso, los sectores diferenciados, con regularización posterior de los bienes de inversión.
Si se trata de prestaciones sanitarias realizadas por profesionales, la exención se mantiene aunque pague la aseguradora o la mutua. El riesgo está en las facturas que mezclan actos asistenciales con informes, gestiones o suministros, que deben desglosarse para aplicar a cada concepto su tratamiento correcto.
La tabla del artículo 12 de la Ley del Impuesto sobre Sociedades contempla para equipos médicos y asimilados un coeficiente lineal máximo del 15 % y un período máximo de 14 años. Es importante documentar la fecha de puesta en funcionamiento y la vida útil estimada del equipo.
Con carácter general, 18 meses desde la notificación de inicio, ampliables hasta 27 meses en los supuestos que prevé la Ley General Tributaria. Las dilaciones imputables al contribuyente no se computan, por lo que conviene atender los requerimientos con diligencia y llevar un control de los plazos.