Por Luis Miguel Larriba, Socio Director de LRB Tax & Legal · Actualizado: octubre de 2026
La devolución de IVA agroalimentario es una de las operaciones más revisadas por la AEAT: las empresas del sector acumulan saldos a favor por exportaciones, entregas intracomunitarias y compras de campaña. Para cobrarla sin sorpresas hay que justificar la realidad de las operaciones, la exención de las entregas y la facturación entre empresas vinculadas.
Por qué el sector agroalimentario genera tantas devoluciones de IVA
Un exportador de frutas, hortalizas, aceite o conservas soporta IVA en sus compras y en sus inversiones, pero repercute poco, porque sus ventas están exentas o no sujetas. El resultado es un saldo recurrente a favor. El mismo efecto aparece cuando una campaña obliga a comprar mucha materia prima antes de vender.
Las entregas a otros Estados miembros, las exportaciones y las compras a agricultores en régimen especial explican la mayoría de los casos. Por tanto, la devolución depende de tres pilares: facturas correctas, exenciones bien acreditadas y operaciones reales.
Cómo se solicita: devolución anual y devolución mensual
La Ley 37/1992, de 28 de diciembre, del Impuesto sobre el Valor Añadido, regula la devolución del saldo a favor al final del ejercicio (artículo 115). La Administración dispone de seis meses para resolver, y si se retrasa por causa que le es imputable, abona intereses de demora conforme al artículo 31 de la Ley General Tributaria.
Las empresas que cumplen los requisitos pueden inscribirse en el Registro de Devolución Mensual (REDEME) y solicitar la devolución cada mes, lo que mejora la tesorería. A cambio, quedan sujetas a la obligación de presentar el Suministro Inmediato de Información y a un control más estrecho. Hemos analizado este sistema en nuestro artículo sobre devoluciones de IVA, REDEME y defensa ante la inspección.
Entregas intracomunitarias: la prueba de la exención
Las entregas intracomunitarias de bienes están exentas conforme al artículo 25 de la Ley del IVA, que transpone la Directiva 2006/112/CE del Consejo, de 28 de noviembre de 2006. Para aplicar la exención el proveedor debe acreditar, al menos, estos extremos:
- El adquirente es empresario identificado a efectos de IVA en otro Estado miembro, con NIF-IVA válido y comunicado.
- El proveedor figura en el Registro de operadores intracomunitarios (ROI).
- Los bienes han salido efectivamente de España con destino al otro Estado miembro.
- La operación se declara correctamente en el modelo 349.
La salida física se prueba con CMR, albaranes firmados, facturas de transporte y, en su caso, las presunciones del Reglamento de Ejecución (UE) 2018/1912. Si falta esa prueba, la Inspección puede negar la exención y exigir el IVA al tipo que corresponda. Nuestro artículo sobre operaciones intracomunitarias, ROI y modelo 349 detalla las obligaciones formales.
Facturación entre vinculadas y fraude en la cadena
En los grupos agroalimentarios, el productor, el envasador y el exportador suelen ser sociedades vinculadas. Si el precio entre ellas no es el de mercado, la Inspección puede ajustarlo en el Impuesto sobre Sociedades y, en determinados supuestos, también en la base imponible del IVA (artículo 79 de la Ley del IVA). Un informe pericial sobre operaciones vinculadas agroalimentarias permite acreditar ese valor de mercado.
Otro riesgo es la cadena de proveedores. La jurisprudencia del Tribunal de Justicia de la Unión Europea admite negar la exención o la deducción cuando el sujeto pasivo sabía, o debía saber, que participaba en una operación vinculada con un fraude. Por eso conviene documentar la diligencia en la selección de proveedores y clientes.
Ejemplo numérico ilustrativo de una comprobación de devolución
Las cifras son un ejemplo ilustrativo. Una exportadora de hortalizas solicita la devolución de 500.000 euros de saldo a favor. La Administración inicia un procedimiento de comprobación y cuestiona dos partidas.
| Partida cuestionada | Importe (euros) | Motivo |
|---|---|---|
| IVA soportado de un proveedor sin soporte de pago | 80.000 | Dudas sobre la realidad de las compras |
| Entrega intracomunitaria sin prueba de salida (1.000.000 al 10 %, a efectos ilustrativos) | 100.000 | Exención no acreditada |
| Devolución inicial solicitada | 500.000 | Saldo a favor declarado |
| Devolución si prosperan ambos ajustes | 320.000 | 500.000 − 80.000 − 100.000 |
Aportando los CMR, los albaranes firmados y las pruebas de pago, la empresa puede mantener la devolución y evitar intereses y sanción. La carga de la prueba se reparte: quien invoca la exención debe acreditar sus requisitos, y la Administración debe motivar por qué los considera insuficientes.
Sanciones, plazos y recursos
Obtener indebidamente una devolución es una infracción específica regulada en el artículo 193 de la Ley 58/2003, de 17 de diciembre, General Tributaria, con sanciones proporcionales al importe devuelto. La culpabilidad es imprescindible: el artículo 179 excluye la responsabilidad si el contribuyente actuó con la diligencia necesaria o con una interpretación razonable de la norma. Además, los artículos 188 y siguientes regulan las reducciones por conformidad y pronto pago.
El derecho a solicitar devoluciones prescribe a los cuatro años (artículos 66 a 70). Las actuaciones inspectoras duran 18 meses, ampliables a 27 (artículo 150). Contra la liquidación cabe recurso de reposición o reclamación ante el TEAR y, después, recurso contencioso ante el Tribunal Superior de Justicia.
El Plan Anual de Control Tributario y Aduanero de 2026, aprobado por Resolución de 11 de marzo de 2026, anuncia actuaciones para evitar la devolución del IVA a quienes simulan una actividad económica. Quien opera con normalidad debe poder demostrarlo con documentos.
Devolución de IVA agroalimentario en Almería, Murcia, Valencia y Palma
Las provincias con fuerte producción y exportación hortofrutícola, como Almería, Murcia, Valencia o Huelva, concentran buena parte de las comprobaciones de devoluciones. La competencia para resolver reclamaciones corresponde al TEAR de la región donde tenga su domicilio fiscal la empresa. En Baleares se aplica el IVA, y el sector agrario de Mallorca puede acogerse al REAGP, como explicamos en nuestro artículo sobre el régimen especial de agricultura, ganadería y pesca.
En Canarias rige el IGIC, no el IVA, por lo que las devoluciones se tramitan conforme a la normativa canaria. En el País Vasco y Navarra, los contribuyentes tributan por IVA según sus normas forales, con particularidades de gestión según el volumen de operaciones y el territorio.
Conclusión
La devolución de IVA agroalimentario se defiende con documentos: contratos, transporte, pagos, registros y precios de mercado. Revisar el expediente antes de pedir el reembolso es mucho más eficaz que reconstruirlo durante una comprobación. LRB Tax & Legal presta este asesoramiento en toda España desde Madrid, San Sebastián de los Reyes y su delegación de Palma de Mallorca.
Preguntas frecuentes sobre la devolución de IVA agroalimentario
La Administración dispone de seis meses para resolver la devolución del saldo a favor al final del ejercicio. Si se retrasa por causa imputable a ella, debe abonar intereses de demora. En el REDEME el control es más estrecho, pero la devolución se solicita cada mes.
Es el Registro de Devolución Mensual del IVA. Pueden inscribirse los empresarios que cumplen los requisitos reglamentarios y presentan el Suministro Inmediato de Información. Permite cobrar el saldo a favor mes a mes, a cambio de mayor control y de obligaciones formales adicionales.
El NIF-IVA válido del adquirente, la inscripción del proveedor en el ROI, la declaración en el modelo 349 y la prueba de que los bienes salieron de España. Esta última se acredita con CMR, albaranes firmados, facturas de transporte y otros documentos coherentes con la operación.
Sí, si considera que las compras no son reales o que el sujeto pasivo sabía, o debía saber, que participaba en un fraude. Por eso conviene conservar contratos, justificantes de pago y evidencias de las comprobaciones realizadas sobre proveedores y clientes.
La Inspección puede ajustar el precio en el Impuesto sobre Sociedades y, en determinados supuestos, la base imponible del IVA. La diferencia genera cuota, intereses y posible sanción, por lo que conviene respaldar los precios con un estudio de valor de mercado.
Contenido informativo y orientativo; no sustituye el asesoramiento profesional sobre un caso concreto.