Los grupos empresariales que optan por tributar de forma conjunta en el IVA a través del régimen especial del grupo de entidades tienen una obligación censal específica y poco conocida fuera del ámbito de la fiscalidad de grupos: el Modelo 039. Se trata de una comunicación que, si no se presenta en plazo, puede dejar sin efecto la aplicación del régimen especial para el ejercicio correspondiente, con el consiguiente impacto en la gestión del IVA de todo el grupo.
Qué es el régimen especial del grupo de entidades
Previsto en la Ley del IVA, este régimen permite que un conjunto de entidades vinculadas económica, financiera y organizativamente entre sí apliquen reglas específicas de tributación conjunta, ya sea en su modalidad básica (compensación de saldos) o avanzada (determinación de una base imponible agregada del grupo). Es una herramienta habitual en holdings empresariales y grupos con varias filiales operativas, especialmente en sectores con estructuras de sociedades patrimoniales y operativas diferenciadas.
Cuándo se presenta el Modelo 039
Los empresarios o profesionales que forman parte de un grupo de entidades y que vayan a aplicar este régimen especial deben comunicarlo —la entidad dominante del grupo— mediante el Modelo 039, durante el mes de diciembre anterior al año natural en que deba surtir efecto la opción.
Asimismo, la entidad dominante debe presentar el Modelo 039 cuando se produzca cualquier modificación que afecte a las entidades del grupo, o por la incorporación de entidades de nueva creación, dentro del periodo de declaración-liquidación correspondiente al periodo en que se produzca la modificación o incorporación.
El Modelo 039 y el Registro de Devolución Mensual (REDEME)
El Modelo 039 se utiliza también para solicitar la inscripción en el Registro de devolución mensual (REDEME), así como para comunicar opciones o renuncias a dicho registro, con carácter general durante el mes de diciembre anterior al año en que deban surtir efecto. Para el ejercicio 2026 se ha ampliado el plazo extraordinario de baja voluntaria en el REDEME hasta el 16 de febrero de 2026. Si los acuerdos para la inscripción se adoptan con posterioridad al inicio del año natural, la comunicación debe presentarse dentro del plazo de presentación de las autoliquidaciones periódicas, surtiendo efecto desde el día siguiente a aquel en que finalice el periodo de liquidación de dichas autoliquidaciones.
Por qué este trámite requiere planificación previa
A diferencia de otras obligaciones censales que pueden regularizarse con relativa flexibilidad, el Modelo 039 tiene un componente de planificación anual: la decisión de aplicar el régimen especial del grupo de entidades —o de inscribirse en el REDEME— debe tomarse y comunicarse antes de que finalice el año anterior. Un grupo que decide en marzo que le conviene tributar conjuntamente en el IVA no podrá aplicar el régimen con efectos retroactivos a enero de ese mismo año.
Esto obliga a las empresas —y a sus asesorías— a revisar la estructura del grupo y su estrategia de IVA con antelación suficiente, idealmente en el último trimestre del ejercicio anterior, para no perder la ventana de presentación de diciembre.
Este análisis conviene realizarlo junto con la revisión del calendario de declaraciones de IVA (modelos 303 y 390) del grupo, ya que la correcta coordinación entre las entidades es uno de los aspectos que más frecuentemente revisa Hacienda cuando se aplica este régimen especial en una comprobación.
Riesgos habituales en la aplicación del régimen de grupo
En nuestra experiencia asesorando a grupos empresariales, los principales focos de riesgo en la aplicación del régimen especial de entidades son: la falta de comunicación en plazo de la incorporación o baja de entidades del grupo, la insuficiente acreditación de los vínculos de control exigidos por la normativa, y la ausencia de una documentación interna que justifique adecuadamente las operaciones intragrupo a efectos de la determinación de la base imponible agregada, especialmente en la modalidad avanzada.
Si tu grupo empresarial está valorando acogerse a este régimen, o ya lo aplica y necesita una revisión de su correcto funcionamiento antes de una posible comprobación, en LRB Tax & Legal podemos ayudarte. Escríbenos a Contacto@LRB.es.
Preguntas frecuentes
¿Quién presenta el Modelo 039, cada entidad o el grupo?
Lo presenta la entidad dominante del grupo, en representación de todas las entidades que lo integran.
¿Puedo aplicar el régimen especial de grupo en cualquier momento del año?
No con carácter general: la opción debe comunicarse en diciembre del año anterior a aquel en que deba surtir efecto, salvo incorporaciones o modificaciones sobrevenidas del grupo, que siguen un plazo distinto ligado al periodo de liquidación correspondiente.
¿Qué diferencia hay entre la modalidad básica y la avanzada del régimen de grupo?
En la modalidad básica cada entidad presenta su propia declaración de IVA y el grupo compensa los saldos resultantes; en la modalidad avanzada se determina una base imponible agregada del grupo, neutralizando ciertas operaciones intragrupo, lo que exige mayores requisitos formales y de documentación.
¿El Modelo 039 tiene relación con el modelo 036?
Son complementarios: el Modelo 036 recoge de forma general la opción por regímenes especiales de IVA a nivel de cada entidad, mientras que el Modelo 039 es el instrumento específico para comunicar la aplicación, modificación o baja del régimen especial del grupo de entidades y del REDEME.
Conclusión
El régimen especial del grupo de entidades en el IVA puede suponer ventajas relevantes de tesorería y simplificación para grupos empresariales, pero exige una planificación censal cuidadosa y una gestión documental rigurosa que resista una eventual comprobación de la Agencia Tributaria. En LRB Tax & Legal acompañamos a grupos y holdings en la aplicación correcta de este régimen: contáctanos en Contacto@LRB.es.