Introducción
La rectificación de cuotas de IVA repercutidas en exceso ha sido objeto de un relevante cambio de criterio por parte del Tribunal Económico-Administrativo Central (TEAC), plasmado en su resolución RG 00/6764/2023, de 24 de marzo de 2026, cuya doctrina ha cobrado especial relevancia práctica en las últimas semanas al aplicarse de forma reiterada en nuevos procedimientos de comprobación e inspección del IVA. Este cambio de criterio afecta directamente a empresas y profesionales que hayan repercutido indebidamente cuotas de IVA superiores a las procedentes y pretendan rectificar dicha repercusión.
Se trata de una cuestión de gran trascendencia práctica en el día a día de la gestión del IVA, dado que los errores en la repercusión —ya sea por aplicación de un tipo impositivo incorrecto, por facturación de operaciones no sujetas o exentas, o por otras causas— son relativamente frecuentes y su correcta rectificación resulta esencial para evitar ingresos indebidos en las arcas públicas y perjuicios económicos para las empresas.
El criterio anterior del TEAC y su modificación
Hasta la resolución comentada, el TEAC venía sosteniendo un criterio más restrictivo sobre el procedimiento y el plazo aplicable para la rectificación de cuotas repercutidas en exceso, exigiendo en determinados supuestos que dicha rectificación se articulase necesariamente a través de la solicitud de rectificación de autoliquidaciones prevista en el artículo 120.3 de la Ley General Tributaria, con las limitaciones temporales y procedimentales que ello conlleva.
En la nueva resolución, el TEAC modifica expresamente su doctrina para flexibilizar las vías de rectificación disponibles, admitiendo que, en determinados supuestos, la rectificación de las cuotas repercutidas en exceso pueda efectuarse mediante la minoración de las cuotas a declarar en la autoliquidación correspondiente al periodo en que se advierta el error, siempre que se respeten los plazos y requisitos establecidos en el artículo 89 de la Ley del IVA, sin necesidad de acudir en todo caso al procedimiento especial de rectificación de autoliquidaciones.
Fundamentos de la nueva doctrina
El TEAC fundamenta este cambio de criterio en la necesidad de garantizar el principio de neutralidad del IVA y de evitar que las exigencias procedimentales se conviertan en un obstáculo desproporcionado para la recuperación de cuotas indebidamente repercutidas e ingresadas. El Tribunal recuerda que el derecho a la rectificación de las cuotas repercutidas es una manifestación directa del principio de neutralidad que informa todo el sistema del IVA, por lo que su ejercicio no puede quedar sometido a restricciones procedimentales que lo hagan prácticamente inoperante.
No obstante, el nuevo criterio no supone una liberalización absoluta: el TEAC mantiene la exigencia de que la rectificación se documente adecuadamente mediante la expedición de una factura rectificativa conforme al Reglamento de Facturación, y que se respete el plazo de cuatro años desde el devengo de la operación o desde que se produzcan las circunstancias que determinen la modificación de la base imponible, conforme a lo dispuesto en el artículo 89 de la Ley del IVA.
Implicaciones prácticas para empresas y profesionales
1. Mayor flexibilidad procedimental. Las empresas que detecten errores en la repercusión de cuotas de IVA disponen ahora de una vía más ágil para su rectificación, pudiendo, en los supuestos amparados por la nueva doctrina, minorar directamente las cuotas en la autoliquidación del periodo en que se advierta el error, sin necesidad de tramitar el procedimiento especial de rectificación de autoliquidaciones, más lento y formalista.
2. Necesidad de análisis caso por caso. Pese a la flexibilización, es fundamental analizar en cada supuesto concreto si resulta aplicable la nueva doctrina o si, por el contrario, las circunstancias del caso exigen acudir al procedimiento de rectificación de autoliquidaciones, especialmente en aquellos supuestos en que la rectificación implique una solicitud de devolución de ingresos indebidos.
3. Importancia de la factura rectificativa. La correcta expedición de la factura rectificativa, con cumplimiento de todos los requisitos formales exigidos por el Reglamento de Facturación, continúa siendo un elemento esencial para la validez de la rectificación, con independencia de la vía procedimental elegida.
4. Revisión de rectificaciones ya practicadas o rechazadas. Las empresas que hayan visto rechazada por la Administración una rectificación de cuotas repercutidas por motivos procedimentales, al amparo del criterio anterior del TEAC, pueden valorar la posibilidad de plantear nuevas actuaciones a la luz de este cambio de doctrina, siempre que no haya transcurrido el plazo de prescripción.
Efectos sobre el destinatario de las operaciones
La resolución también tiene efectos sobre el destinatario de las operaciones, que deberá ajustar en su caso la deducción practicada como consecuencia de la rectificación, por lo que resulta esencial una adecuada coordinación entre las partes intervinientes en la operación para evitar distorsiones en la cadena de repercusión y deducción del impuesto.
Conclusión
El cambio de criterio del TEAC sobre la rectificación de cuotas de IVA repercutidas en exceso supone un avance en la aplicación práctica del principio de neutralidad del impuesto, flexibilizando las vías disponibles para corregir errores en la repercusión sin renunciar a las debidas garantías formales. Las empresas deben revisar sus procedimientos internos de gestión del IVA para aprovechar esta mayor agilidad procedimental.
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