La rectificación de cuotas IVA repercutidas en exceso ha dado un giro importante con la resolución del Tribunal Económico-Administrativo Central (TEAC) de 24 de marzo de 2026. Hasta ahora, la vía disponible dependía de la naturaleza del ingreso original. Con este cambio de criterio, cualquier sujeto pasivo puede optar libremente entre las dos alternativas que ofrece el artículo 89.Cinco de la Ley 37/1992 del IVA, con independencia de si el ingreso fue debido o indebido en origen. Si tienes dudas sobre cómo afecta esto a tu empresa, consulta con nuestro equipo de asesores fiscales.
¿Qué ha resuelto el Tribunal Económico-Administrativo Central?
El TEAC ha dictado, con número de referencia 00/06764/2023, una resolución de especial relevancia para empresas y profesionales que operan bajo el régimen del IVA. La doctrina ahora fijada resulta aplicable a cualquier sujeto pasivo que haya repercutido cuotas que, por diversas causas —resolución de contrato, laudo arbitral, sentencia judicial, entre otras— resultan superiores a las que debieron haberse aplicado.
El marco legal: el artículo 89.Cinco de la Ley del IVA
El artículo 89 de la Ley 37/1992 regula la obligación del sujeto pasivo de rectificar las cuotas impositivas repercutidas cuando el importe se hubiera determinado incorrectamente o cuando se produzcan circunstancias que den lugar a la modificación de la base imponible conforme al artículo 80 de la misma ley.
Cuando esa rectificación implica una minoración de las cuotas inicialmente repercutidas, el apartado Cinco del artículo 89 ofrece dos alternativas:
Vía A: Rectificación de la autoliquidación originaria (artículo 89.Cinco.a)
El sujeto pasivo puede instar ante la Administración Tributaria el procedimiento de rectificación de autoliquidaciones previsto en el artículo 120.3 de la Ley 58/2003, General Tributaria. El plazo para ejercitar esta opción es el plazo general de prescripción de cuatro años, contados desde el día siguiente a la finalización del plazo para presentar la autoliquidación correspondiente.
Vía B: Regularización en autoliquidación posterior (artículo 89.Cinco.b)
La segunda alternativa consiste en incluir la rectificación en la declaración-liquidación del periodo en que se emita la factura rectificativa, o en los periodos siguientes, dentro de un plazo máximo de un año desde la emisión de dicha factura. El sujeto pasivo queda obligado a reintegrar al destinatario el importe de las cuotas repercutidas en exceso.
¿Cuál era el criterio anterior y por qué cambia?
Hasta ahora, el TEAC sostenía desde su resolución de 17 de marzo de 2016 (RG 00-03868-2013) que la vía a seguir dependía de la naturaleza del ingreso original:
- Si el ingreso había sido indebido desde el origen, el sujeto pasivo podía optar entre la vía A y la vía B.
- Si el ingreso había sido debido en su momento, solo cabía acudir a la vía B.
Esta distinción generaba inseguridad jurídica, ya que en muchos casos resultaba complejo determinar a priori la calificación del ingreso, y el error en esa calificación podía suponer la inadmisión de la rectificación solicitada.
Nuevo criterio: rectificación de cuotas IVA repercutidas en exceso sin restricciones
La resolución de 24 de marzo de 2026 establece con claridad que el sujeto pasivo puede optar por cualquiera de las dos vías para llevar a cabo la rectificación de cuotas IVA repercutidas en exceso, con independencia de si el ingreso original fue debido o indebido. El TEAC fundamenta este cambio en la jurisprudencia del Tribunal Supremo y de la Audiencia Nacional, que ha evolucionado para eliminar formalismos contrarios al principio de neutralidad del IVA. Puedes consultar la resolución completa del TEAC en la base de datos oficial del Ministerio de Hacienda.
Sentencia del Tribunal Supremo de 5 de febrero de 2018 (recurso 646/2017)
El Alto Tribunal aclaró los plazos aplicables distinguiendo entre el plazo de cuatro años para rectificar las cuotas (artículo 89.Uno) y el plazo de un año para regularizar la situación tributaria mediante la vía B. Al referirse a la vía A, el Tribunal Supremo la mencionó como opción alternativa sin condicionarla a la naturaleza del ingreso.
Sentencia del Tribunal Supremo de 27 de septiembre de 2022 (recurso 5052/2020)
En un supuesto de resolución contractual, el Tribunal Supremo reconoció al destinatario de la operación la posibilidad de instar la rectificación de autoliquidaciones conforme al artículo 89.Cinco.a). El TEAC extrae de este pronunciamiento una consecuencia lógica: si el destinatario puede acudir a la vía A con independencia de la naturaleza del ingreso, el sujeto pasivo no puede tener más restricciones que el propio repercutido.
El caso que originó la resolución
La resolución surge de una reclamación presentada por una Unión Temporal de Empresas que, tras un laudo arbitral que determinó que las cantidades cobradas por obras de urbanización habían sido abonadas en exceso, emitió facturas rectificativas y solicitó la rectificación de las autoliquidaciones de IVA de varios periodos de los ejercicios 2009 y 2010.
La Agencia Tributaria desestimó esas solicitudes argumentando que, al tratarse de un ingreso debido en origen, solo era posible acudir a la vía B. El TEAC estima en parte las reclamaciones y fija el nuevo criterio, ordenando a la Administración tramitar las solicitudes de rectificación.
Implicaciones prácticas para empresas y profesionales
Mayor seguridad jurídica en la rectificación de cuotas IVA repercutidas en exceso
Ya no es necesario analizar si el ingreso fue o no indebido desde el origen para determinar qué vía resulta aplicable. Ambas opciones están disponibles con independencia de esa calificación, lo que elimina un foco habitual de controversia con la Administración Tributaria.
Plazo ampliado cuando se opta por la vía A
La vía A ofrece un plazo de cuatro años frente al año que permite la vía B. Esto es especialmente relevante cuando la causa de rectificación —una resolución judicial, un laudo arbitral, una sentencia— se produce mucho tiempo después de los periodos en los que se repercutió el IVA.
Relevancia en operaciones de larga duración
Contratos de obra, concesiones, permutas inmobiliarias o proyectos de urbanización son supuestos en los que la causa de rectificación puede surgir años después del devengo original. En estos casos, acudir a la vía A con su plazo de prescripción de cuatro años puede resultar determinante para recuperar las cuotas ingresadas en exceso.
¿Qué pasos debe dar el sujeto pasivo?
- Emitir la factura rectificativa conforme a los requisitos del Reglamento de Facturación, documentando la causa de la rectificación.
- Evaluar qué vía resulta más conveniente en función del plazo transcurrido, la situación del destinatario y la complejidad del expediente.
- Si se opta por la vía A, presentar ante la Administración Tributaria la solicitud de rectificación de la autoliquidación conforme al artículo 120.3 de la LGT, aportando documentación que acredite el exceso en las cuotas repercutidas.
- Si se opta por la vía B, incluir la rectificación en la declaración-liquidación del periodo correspondiente dentro del plazo de un año y reintegrar al destinatario las cuotas cobradas en exceso.
- Contar con asesoramiento especializado, ya que la Administración conserva la facultad de verificar el cumplimiento de los requisitos formales y materiales exigidos en cada procedimiento.
Conclusión
La resolución del TEAC de 24 de marzo de 2026 supone un avance significativo en la interpretación del régimen de rectificación de cuotas IVA repercutidas en exceso. Al eliminar la distinción basada en la naturaleza del ingreso original, el Tribunal refuerza el principio de neutralidad del IVA y facilita el acceso a los mecanismos de corrección previstos en la ley.
Conocer este nuevo criterio y actuar con la debida diligencia resulta esencial para no perder el derecho a recuperar las cuotas ingresadas en exceso. Si tiene dudas sobre cómo aplicar esta doctrina a su caso concreto, nuestro equipo está a su disposición para analizar su situación.
